新學期新開始！一年一度的社團招生活動「贏新祭」上，千反田和奉太郎為了點心社團「製菓研」而起的謎團爭論不休，這時，大日向友子悄悄加入戰局，還動了加入古籍研究社的念頭……

眼看古籍研究社從廢社危機走回正軌，又迎來新成員，未來蒸蒸日上，但－－大日向友子突然表示不入社了？
里志和摩耶花毫無頭緒，千反田卻萬分自責，究竟大日向和她形容為「外表宛如菩薩」的千反田之間，有什麼過節？
神高正式申請入社的截止日就在「星之谷盃」馬拉松的當天，節能少年奉太郎，歷經偏離跑道、腳踝扭傷等磨難，能否及時挽回新社員，解開千反田和大日向的心結？

跑步的話，二十公里太長；
但我不知道，這是不是長到足以去理解另一個人……
倒數計時的入社申請，二十公里的推理時間，
友誼的背後，少女們千頭萬緒的纖細心思，正緩緩浮上檯面……