Het fregatschip Johanna Maria gaat over de 35 jaar die zeilmaker Jacob Brouwer met en op dit zeilschip doormaakt. Het waken over het welzijn van de Johanna Maria is zijn levensdoel. Zij is de enige liefde in zijn leven. Brouwer vaart de wereld rond, terwijl het schip van eigenaar en naam verandert. Hij verliest het soms uit het oog, maar telkens keert hij erop terug. Tenslotte overlijdt hij na een val op de Johanna Maria, wanneer hij iets aan het want herstelt.